Kostol sv. Alžbety Uhorskej v Banskej Bystrici bol postavený v roku 1303 na konci Dolnej ulice, pri mestskom špitáli pre chorých a nevládnych baníkov. Malý jednoloďový gotický kostolík patrí, spolu s bývalou mestskou nemocnicou, medzi najstaršie budovy v meste a kostolík je zároveň najstaršou zachovanou gotickou stavbou. V čase, kedy kostol a špitál postavili, sa v tejto časti nenachádzali iné stavby. Boli tu len dva majere a niekoľko domov.
V roku 1605 kostol zasiahol veľký požiar. Zhorel aj špitál a dva mlyny v blízkosti. Z kostola sa zachránila sa len Kaplnka sv. Anny a múr severnej lode. Prešiel viacerými prestavbami a v roku 1877 rozšírili v novogotickom slohu do súčasnej podoby. Oltárny obraz sv. Alžbety z roku 1864, je dielom Jozefa Murgaša, tajovského rodáka, rímskokatolíckeho kňaza, vynálezcu a priekopníka rádiotelegrafie.
Kostol bol výrazne poškodený aj počas 2. svetovej vojny. Pôvodná veža bola po vojne nahradená len nízkou provizórnou drevenou vežičkou. Pôvodná historická veža so štyrmi nárožnými vežičkami, pokrytá medeným plechom bola osadená na kostol po 75. rokoch. V roku 1974 bol kostol vytopený storočnou vodou, ktorá ho veľmi poškodila. V roku 2021 bola ukončená komplexná rekonštrukcia Kostola sv. Alžbety, vrátane interiéru a inventáru kostola. Spravuje ho Misijná spoločnosť sv. Vincenta de Paul.